آیت‌الله العظمی سبحانی در نامه‌ای به مدیر حوزه های علمیه، نکاتی را پیرامون دیدار آیت‌الله اعرافی و پاپ بیان کردند. در نامه ایشان با اشاره به اینکه این سفر اولین رابطه رسمی بین حوزه علمیه قم و مسیحیت کاتولیک است آمده است:

شخصیّت پاپ نسبت به سلف خود ممتاز است و در سفر خود به عراق و دیدار با آیت‌الله العظمی سیستانی مطالبی را بیان کرد که می‌توانست نگوید؛ این حاکی از آن است که شخصیت محافظه کاری نبوده بلکه به واقعیات تاحدودی علاقه‌مند است. ایشان در بخش دیگری از نامه تصریح کردند: همکاری علمی و آکادمیک و تبادل استاد و دانشجو تا حدّی مناسب است. بهترین پیشنهاد، تألیف دایرهالمعارف با حجم کم در حوزه مسائل مشترک کلامی است. البته کارهای علمی مشترک مانند حقوق کودک و خانواده و محیط زیست بسیار مناسب برای گفتگو است. ایشان در پایان تصریح کردند: دعوت هیئت های علمی از آنان و بازدید از مراکز حوزه علمیه مناسب است.